Egilsstaðaflugvöllur hentar mjög vel til þess að sinna flugvernd og er hægt að aðskilja millilanda- og innanlandsfarþega algerlega.
Vegna aðgangsstýringar flugvallarins verða starfsaðilar (fyrirtæki, stofnanir, félög og einstaklingar) sem þurfa fastan aðgang að flugvellinum að sækja um þar til gerðar aðgangsheimildir. Þar er um að ræða auðkenniskort fyrir einstaklinga en fjarstýringar og akstursheimildir fyrir ökutæki.
Fyrirtæki, stofnanir og félög sækja um aðgang fyrir sína starfsmenn eða félagsmenn. Forsenda þess að aðili fái aðgangsheimild að flugvellinum er að viðkomandi hafi sótt þar til bæra fræðslu, sem tekur um 1½ klst. vegna aðgangs að flugsvæði en fjórar klst. fyrir þá sem þurfa aðgang að haftasvæði.
Rétt er að geta þess að einungis þeir sem koma að afgreiðslu millilandaflugvéla vegna almenningsflugs þurfa aðgang að haftasvæði.
Varðandi þátttökugjöld á námskeiðum og annan kostnað vegna aðgangsheimilda er vísað í gjaldskrá Isavia.